El detective Matthews se encuentra encerrado en el baño de la primera película (tal y como lo dejaron al final de la segunda película). Está encadenado como Adam y el Doctor Gordon de la primera película. Maldiciendo a Amanda, y viendo que no tiene otra escapatoria, agarra un trozo de mármol ensangrentado (el mismo con el que Adam mató a Zep), y se golpea el tobillo repetidas veces para romperlo hasta que pase por el aro de la cadena, librándose así de la trampa.

Mientras tanto, la detective Kerry, el forense Hoffman y el sargento Rigg investigan un caso de Jigsaw nuevo, en el que un hombre, Troy, se encuentra encadenado por varias partes de su cuerpo; su prueba consistía en arrancarse las cadenas de las distintas partes el cuerpo antes de que explotara una bomba que había en la habitación. Troy lo hace, pero cuando le queda una cadena en la mandíbula inferior y ve que no puede arrancársela la bomba explota y muere. Kerry le dice a Rigg y a Hoffman que era imposible que saliera porque la puerta estaba soldada desde fuera, no podría haber sido Jigsaw ya que no seguía el patrón de sus juegos macabros.

Cuando Kerry vuelve a su casa es capturada. Kerry despierta en un cuarto semioscuro con un dispositivo enganchado a su caja toráxica y en un vídeo Jigsaw le explica las reglas de su juego: si en menos de un minuto no agarra una llave que se encuentra dentro de un recipiente con ácido, la máquina se disparará y abrirá su caja torácica; rápidamente Kerry mete la mano y saca la llave (quemándose parte de la mano), pero al abrir el cerrojo descubre que la máquina no se abre de todas formas: entonces se da cuenta de que no tiene salida. En ese momento aparece Amanda y Kerry la mira, sorprendida; la máquina se activa y Kerry muere.

En otro lugar despierta Jeff, encerrado en una caja, donde hay una grabadora, como otras veces. La grabadora le explica lo que debe hacer: superar una serie de pruebas, y así llegará hasta el asesino de su hijo.

Por otra parte está una doctora, la cual despierta con una extraña máquina al cuello, y le obligan a mantener vivo a Jigsaw, ya que si él moría, la máquina se activaría y ella moriría también.

Jeff camina por un pasillo y encuentra una caja con una nota y una bala, abre una puerta y descubre a una chica maniatada, medio congelada y con unos chorros que le echan agua helada.Tiene que coger una llave que se encuentra al fondo de la habitación pero cuando la consigue es demasiado tarde.La chica se ha congelado.

Mientras, la doctora Lynn habla con Amanda sobre la salud de John y que debería llevarle a un hospital. A John le dan convulsiones y entre las 2 le salvan.

De vuelta con Jeff, el encuentra otra cajita esta vez con un cargador y entra en una especie de nave donde hay una trituradora en el fondo de la trituradora hay un hombre encadenado. Jeff tiene que encontrar una llave para librarle que esta escondida en el interior de los juguetes de su hijo (para conseguirla debe quemarlos). La trituradora se activa y empieza a trituras cerdos. Las tripas de los cerdos van lentamente ahogando al hombre del fondo.Jeff le salva y juntos van a por la siguiente prueba.

La doctora Lynn le tiene que hacer una operación cerebral a John para descomprimir el cerebro o moriría. Para ello coge un taladro y una radial y le corta un trozo de cráneo, después John pasó a sentirse mejor, provocando que Amanda sintiese celos de Lynn.

Entonces Amanda corre hacia una habitación y busca una caja con medicinas y empieza a recordar desde cuando secuestro a Adam Faulkner, lo llevo al baño industrial subterráneo encima de un skateboard y lo encadena en lo que John (Jigsaw)se esta maquillando y se pone la mascara, Amanda deja a Adam en la bañera y john embarra el piso de sangre artificial y se inyecta un tipo de droga en las venas para que esta lo ayude a quedarse quieto por unas horas y Amanda les deja las llaves a Adam por la pena John se da cuenta pero este no dice nada entonces John se acuesta, Amanda apaga las luces y cierra la puerta para que empiece el juego.

Jeff encuentra una foto en la que sale él con sus 2 hijos y abre la siguiente puerta. Un joven esta encadenado en una maquina que empezara a retorcerle cada una de sus extremidades hasta que se partan. Para desactivarla debe coger una llave que esta atada a una escopeta.La maquina empeiza a retorcerle los brazos y las piernas y cuando Jeff consigue la llave(no sin antes disparar al hombre de la prueba anterior en la cabeza) la maquina le retuerce al chico la cabeza y muere.(Aquel chico era el asesino del hijo de Jeff a quien este logro perdonar antes de su muerte).

Amanda loca de celos empieza a pegar a la doctora Lynn coge su pistola y la pega un tiro en la espalda.En ese momento Jeff encuentra la ultima caja con la pistola sin cargador, mete el cargador con una bala y entra en el cuarto donde se encuentran todos.La doctora Lynn resulta ser la esposa de Jeff y este dispara a Amanda por lo que ha hecho. John explica que la prueba era para Amanda porque había sido mala y no hacia las pruebas como él quería. Y luego le dice a Jeff que si quiere a su familia debe perdonarle. Entonces Jeff mata a John y este le dice que no debió hacerlo pues el es el unico que sabe donde esta su hija con oxigeno limitado. En ese momento John muere y la maquina de la doctora se activa matandola.Jeff se queda solo encerrado en esa habitación con el cadaver de su esposa, de Amanda y de John.